Category Archives: 个人生活

与专业无关的内容。

杂

最近我家的ADSL访问andrewsun.net速度很慢（包括SSH），访问bluehost.com同样也很慢。我也懒得更换服务商了，只能忍着。

以前也试过几次，一段时间内访问andrewsun.net很慢。我对网络不是很了解，我只懂用tracert试一下，看看是到哪个关口开始变慢的。这次跟以前的几次一样，变慢的瓶颈都是已经出了美国的，说明不是国内的问题。前几次过一段时间都自动好起来了，这次我希望也是这样吧。


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Trace complete.

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Trace complete.

最近看了电影The Intouchables，又看了一些对该电影的评论。有部分人觉得很纳闷这电影为什么让这么多人感动。我是感动了的，但我也想猜不觉得感动的人可能有不同的原因，第一就是太老到，电影看多了，而这一部电影无非是一个中规中矩荷里活友情片，或者另一部Driving Miss Daisy。这点我也同意，这部篇子成功之处在于演员的表演，而且导演的技巧也蛮好的，然后其余的地方没犯大错，故事其实是套路。这在预告片的编排上反映得更明显，先是渲染两人友好的一面，忘记了两人背景的悬殊；然后突然点出这一点，激起观众的关注，看两个主人公能否“冲破世俗的藩篱”。世俗的而懦弱的观众们当然是永远都爱去电影院看主人公如何“冲破世俗的藩篱”的。在电影中，总要有些傲慢的配角来提醒观众这种“藩篱”的存在，但这些无非都只会为主角的可爱程度加分。例如Driving Miss Daisy里那个儿子，在The Intouchables里Philippe的女儿。这些安排，在自己都懂写小说写剧本的专业电影人那里已经太小儿科了。就好像我看《海上钢琴师》无法带感，我某军迷哥们说《士兵突击》是“太监戏”一样。

第二就是太纯真所以感觉不到这故事里有何值得珍惜的可贵之处。电影里也有几处线索。Philippe自己说，他要的就是一个“没有同情心的人”，可以忘记他是残废的。第二是Driss离开之后，Philippe新换的护理的表现。特别是半夜Philippe痛症发作的时候，新护理那副反应。大多数人（包括我）都会容易向不幸的人施以礼节性的同情心。明知自己不可能真正体会到对方的感受，却又自知不能停留于此，一定要通过自己想象去体会一番，作出自己应有的表演，事实上只是为了自己好受些。这种“做善事的人”常有的心态，也常见于那些下乡体验的慈善组织中。这种礼貌的问题。相比Driss的情况，就是“过于有教养”，又“不够通透”。所以也就是既不够老到，也不够纯真的大多数庸人们会觉得感动。我相信假如像Driss这样的人看这部电影，是不会觉得非常感动的。并非Driss完全不具备任何同情心，只是这一种“同情心”，没有好过有。Driss没有过多的教养却足够纯真，而Philippe有了颇为丰厚教养但又足够通透。他们能够成为很好的朋友，是他们应得的幸福，也是处于中间的“两头不到岸”的我们会感到羡慕的幸福，我们当然要感动一番了。我个人看这个片子的收获就是怎样去对待朋友的不幸才会让他舒服。这很实用。

kcite插件测试

装了kcite插件，可以将文中的DOI号直接渲染成恰当的引用（文中变序号，文末加bibliography）。本页为测试。

Recently, many simulation and experiment studies have been published [1] to reveal the precise features of the jamming phase diagram for different amorphous systems within this framework. Of many model systems for the jamming transition, the poly(N-isopropylacrylamide) (PNIPAM) microgel suspension is a unique one. The particles are soft and deformable, so they can be efficiently packed beyond the close packing condition for the hard spheres. Moreover, due to the thermo-responsibility, a small change in temperature will cause a large change of the particle diameter. This endows PNIPAM microgel suspensions with interesting physical and rheological properties [2][3]. Different from the inert hard sphere counterparts, the PNIPAM microgel suspension undergoes a transition from solid-like to liquid-like state with increasing temperature not due to the increase in thermal energy kBT, but due to the decrease in the particle diameter, which lowered the effective volume fraction φeff of the particles in the suspension [4][5][6][7]. In the view of jamming phase diagram, T was coupled with φeff, so that the PNIPAM microgel suspension state cannot be independently controlled by T and φeff. Moreover, the softness of the microgel particles was also changed by the swelling extent. There was a report where φeff was varied by the particle number density at constant temperature [8], but direct comparison between the effect of the two control variables, T and concentration, on increasing φeff is lacking. In the jamming state, the microgel suspension responded essentially elastically to the applied small strain and turned to the shear-unjamming state and flowed beyond yielding by tuning control variables [9]. The flow of the microgel suspensions after yielding was nonlinear viscoelastic [10][11].

References

  1. M.P. Ciamarra, M. Nicodemi, and A. Coniglio, "Recent results on the jamming phase diagram", Soft Matter, vol. 6, pp. 2871, 2010. http://dx.doi.org/10.1039/b926810c
  2. B. Sierra‐Martin, J.J. Lietor‐Santos, A. Fernandez‐Barbero, T.T. Nguyen, and A. Fernandez‐Nieves, "Swelling Thermodynamics of Microgel Particles", Microgel Suspensions, pp. 71-116, 2011. http://dx.doi.org/10.1002/9783527632992.ch4
  3. M. Cloitre, "Yielding, Flow, and Slip in Microgel Suspensions: From Microstructure to Macroscopic Rheology", Microgel Suspensions, pp. 283-309, 2011. http://dx.doi.org/10.1002/9783527632992.ch11
  4. G. Romeo, A. Fernandez‐Nieves, H.M. Wyss, D. Acierno, and D.A. Weitz, "Temperature‐Controlled Transitions Between Glass, Liquid, and Gel States in Dense p‐NIPA Suspensions", Advanced Materials, vol. 22, pp. 3441-3445, 2010. http://dx.doi.org/10.1002/adma.200904189
  5. Z. Zhang, N. Xu, D.T.N. Chen, P. Yunker, A.M. Alsayed, K.B. Aptowicz, P. Habdas, A.J. Liu, S.R. Nagel, and A.G. Yodh, "Thermal vestige of the zero-temperature jamming transition", Nature, vol. 459, pp. 230-233, 2009. http://dx.doi.org/10.1038/nature07998
  6. J. Mattsson, H.M. Wyss, A. Fernandez-Nieves, K. Miyazaki, Z. Hu, D.R. Reichman, and D.A. Weitz, "Soft colloids make strong glasses", Nature, vol. 462, pp. 83-86, 2009. http://dx.doi.org/10.1038/nature08457
  7. F. Scheffold, P. Díaz-Leyva, M. Reufer, N. Ben Braham, I. Lynch, and J.L. Harden, "Brushlike Interactions between Thermoresponsive Microgel Particles", Physical Review Letters, vol. 104, 2010. http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.104.128304
  8. D. Paloli, P.S. Mohanty, J.J. Crassous, E. Zaccarelli, and P. Schurtenberger, "Fluid–solid transitions in soft-repulsive colloids", Soft Matter, vol. 9, pp. 3000, 2013. http://dx.doi.org/10.1039/c2sm27654b
  9. H. Senff, and W. Richtering, "Temperature sensitive microgel suspensions: Colloidal phase behavior and rheology of soft spheres", The Journal of Chemical Physics, vol. 111, pp. 1705-1711, 1999. http://dx.doi.org/10.1063/1.479430
  10. V. Carrier, and G. Petekidis, "Nonlinear rheology of colloidal glasses of soft thermosensitive microgel particles", Journal of Rheology, vol. 53, pp. 245-273, 2009. http://dx.doi.org/10.1122/1.3045803
  11. A. Le Grand, and G. Petekidis, "Effects of particle softness on the rheology and yielding of colloidal glasses", Rheologica Acta, vol. 47, pp. 579-590, 2008. http://dx.doi.org/10.1007/s00397-007-0254-z

我用过的文献管理软件

接着上一篇的势头，我再谈谈文献管理方面的应用软件或网站。

离线软件方面，我很早的时候，用过一段时间Reference Manager，当时我试用过Note Express，后来转到EndNote之后，就一直用到现在了。其实我很早就听说过EndNote，之所以一直用Reference Manager这么长时间，其实是懒得搬数据。所以我原本认为，其实用户转换文献管理软件的门槛是很高的，新软件很难抢到老用户。事实是不是这样呢，我没有统计数据，但我就很不明白为什么这么多人喜欢用Mendeley（Zotero我也用过，觉得不错，但是自从我浏览器改用Chrome之后我就不用Zotero了。我对它的喜爱不至于像某些人那样“装Firefox完全只是为了用Zotero）。

我还用过CiteULike、Connotea等网站，也都很快就弃用了。最近ACS出了一个ChemWorx，我也试用了一下。还有ReadCube我也用过。由于上述说的软件我很久都没用了，现在的情况是如何，我也不大清楚。

先讲所有这些应用最大的问题。EndNote的老用户往往已经把文献分成不同的Group了。所以，除非有软件能够直接破解EndNote的enl文件（以及同目录下的.data文件夹），实现“完美导入”，否则只要换软件，原来的Group分组信息就一定要丢失。我从读博士开始到现在，几乎所有文献，都放在一个库中，叫做gelation.enl（凝胶化）。它包括了流变学方面和胶体物理方面的所有文献。我也分了很多Group。不把这个库全导出来的话，我是没办法真正更换一个新的文献管理软件来工作的。但是，估计破解EndNote的文件格式是违法的，所以那些遵纪守法的老外是不会动这个心思，所以Group信息是永远无法顺利地导出的了。当然，有一些权宜的办法。例如对于Mendeley，可以先在EndNote里给同一个Group的文献添加相同的label（可以一次批量操作），再导出成bibtex格式。导入到Mendeley时，label项会导入成tag，然后在Mendeley中按tag来filter就可以看到原本属于同一个Group的文献了，这时再把这些文献搬到Mendeley相应的folder里。这个工作量至少是还可以接受的。

第二个也很普遍问题就是字符。这也应该是EndNote本身的错。EndNote导出的文本格式没有办法处理带重音符号的拉丁字母（很多人名会有，而且我还有一些文献是德语的），在EndNote软件里是正常显示的，但导出成文本文件之后就会变成一个中文乱码。这个中文乱码就会被导入到任何其他文献管理软件中。

第三个问题就是排序。除了Reference Manager、EndNote和NoteExpress（印象中）之外，其他的管理软件的排序功能都很局限。可能是因为我学过一点数据库原理，我明白无论界面多么傻瓜，文献管理软件其实都是一个数据库。一条文献包含这么多的属性，都是可以用来排序的，可以先按属性一升序、再按属性二降序、再按属性三升序……可是，除这三个软件之外的其他软件，最多只支持一按一个属性排序，而且只能在年份、作者、题目等属性中选择。

我在EndNote里是会使用Label项来进行一些标记。最常见的方式是标记了笔记本的页码。由于我阅读文献会有记笔记的习惯，在笔记本上会有页码。因此，一个文献记录，如果label上有个数字，就说明这个文献我看过，当时记过笔记，可以翻开笔记的相应页码来快速回顾，就不用重新看全文了；如果label上是空的，就说明我没有认真阅读过。所以，如果先对Label排个序，所有没记过笔记的文献就会全部集中在一起；再按年份排个序，这些没记过笔记的文献就会按年份来排序，我可以按此顺序一篇一篇地阅读和记笔记。

再有，由于我从读博开始的近三千篇文献都放在一个库中。如果我在阅读文献的时候，看到一篇被引文献我也需要，首先就要判断我是不是已经有这篇文献了，因为这么多篇文献我脑子是记不得某一篇我是否已经有了的。这时我就要在EndNote里，先后按期刊名、卷和页来排序，这样我一拉scroll bar就很快能够找到相同期刊相同卷的地方，有没有这一页就一目了然了。

总之，我会经常善用属性排序（而不是search）来查找定位，这也许是数据库的思维习惯使然。在添加条目操作时就具有一个杜绝重复和冗余的机制，而不是等产生了冗余之后再查重，这一原则可能也来自于数据库原理。因此对那些光有个search功能但排序功能很弱的文献管理软件我都觉得不适应。

有的文献数据库，文献多起来就反应慢，这是数据库引擎比较低级的反映，这些都比不上EndNote。

接下来就是关于PDF文件的管理问题。我一直都很不明白为什么这么多人会青睐这一功能。稍微有点常识的人就会知道这一功能是超出目前技术水平的，是绝对做不好的。首先，PDF文件有两种情况，一种情况就是里面的文字和图象都是基于元数据重新渲染的，另一种情况就是完全是未进行OCR的图象。要从PDF文件中识别出年份作者标题等信息，就需要PDF文件是前一种情况，能从中读出文字信息。而我这个人是喜欢看上世纪中叶的文献的，这些PDF都是影印版或者不良OCR版。再加上，这样的过刊很多时候网络数据库没有全文全限，我都是通过中科院文献互助系统从别的图书馆影印回来的，连字都是歪的，很难指往有什么OCR能把这些字识别好。光这一条满足不了就基本没戏了。我的库可能有一小半都是这种情况。ReadCube的设计似乎是要让用户完全依赖于从PDF识别来导入信息的。它的PDF导入功能确实比我想象中的要出色（主要是它充份利用了PubMed和Google Scholar的api，只要能从PDF中识别出任何最少的足够信息就直接可以在PubMed或Google Scholar上获得其他信息），但也难免有很多无法识别的PDF。ReadCube对这些PDF的处理方式是：仍然要用户从PubMed或Google Scholar上找到相应的条目来应用到PDF上，不允许自己输入！问题是有很多PDF，我自己在浏览器上Google Scholar是能查得到条目的，但是在ReadCube里面上Google Scholar却查不到。我猜这可能是Google Scholar的API有问题，但ReadCube就自愿受API问题的限制了？事实上，如果ReadCube对这类PDF可以支持像Zotero那样，访问文献网页抓取信息，就能够很好地解决此问题。除了PDF识别问题之外，识别出来的信息，也需要分类编排。学术文献是有很多种的，有Book、Book chapter、journal、patent、dissertation等等，这些都以是PDF文件。ReadCube的PDF识别好像默认了这个库里只能有journal这一类型的文献。可是至少我在写论文的时候我不会只引用journal。假如我工作完全用ReadCube，我要引用book的时候我岂不是要另外再打开我的EndNote？要求一个软件把PDF的文字识别出来之后，从排版和页眉页脚信息的特征识别出这是一个book还是book chapter还是journal还是dissertation，要求实在太高了，在可以预见的将来这一点都肯定是做不到的。无论如何，想要直接从PDF中识别信息，愿望很美好，但只要它不是接近100%可行，我就不想依赖它。为什么说这个愿望很美好而又要求它100%呢？因为，假如能从PDF中识别所有信息，我下载任何PDF就不用重命名，也不用记得同时导出RIS并导入到EndNote库中以保持一一对应了，以上的好习惯一旦不遵循，我的PDF文件夹将会是一团糟，这时就真的要完完全全地依赖数据库的PDF识别功能了。假如这一功能还不是100%有效，想想我有几千篇文献（和PDF），有个那么1%我就要手动输入十几篇了，还找不到源PDF在哪儿（因为命名全是乱的）。正因为如此，我根本就不会对文献管理软件的PDF自动识别管理功能抱有任何期望。像ReadCube这种完全依赖在这个功能上的产品，用处就相当于零了。

至于像Mendeley这样（以及EndNote X5以上版本），把已有文献数据跟硬盘中的PDF文件链接起来，可以直接在文献数据库中打开PDF文件来阅读的功能，我觉得也没必要。我对一个PDF阅读器产品本来就另有要求。首先，你有没有给我的电脑添加一个PDF打印机？如果没有，我岂不仍然要另外再装一个Acrobat Professional吗？假如我反正要装一个Acrobat Pro我有啥为何不在那儿看？Acrobat Pro支持画下划线（而不仅仅是高亮。我讨厌用高亮，偏好用下划线），而且还可以设置成波浪形的下划线。Acrobat还支画圈画框画箭头，有时一个公式我框一下，曲线有一个转折点我用箭头指一下。Acrobat还支持基本的窗口操作例如把同一个文件的窗口分成两半，这样的话，我上一半看正文，下一半看参考文献列表，那就不用在正文和参考文献头尾两种来回拖动了。如果可以的话我恨不得分三半，第三半看图，解决文中说“see Fig. 3(b)”结果Fig. 3(b)在下一页的问题。对于一些较新的PDF文件Acrobat还可以进行搜索。可以对PDF进行修改。例如有的paper会另外有一个supporting information文件，我就会把原文和supporting information合并为一个PDF文件，类似这样的操作在Acrobat里都可以解决。相比之下，那些文献管理器附带的PDF阅读功能实在是鸡肋，不明白为什么这么多人青睐，还作为一个卖点了。是不是像我这种哪类软件都成为深度用户的人就注定不幸福，可我也不见得是什么深度用户啊？果粉们不是说，品味高的用户必然会不约而同地选用苹果产品吗？我都没有选用苹果产品，用Windows用得这么爽，我一定是个坏品味的吊丝。为什么我仍然不满呢？我还要补充一下，学术文献的文件格式，不仅仅只有PDF文件。中文文献会需要用CAJViewer来阅读（就算期刊论文在CNKI可以选择下载为PDF格式，但博士和优秀硕士论文只能下载为.nh格式文件，必须在CAJViewer里看），光整合PDF阅读功能，也并没有100%。不是100%的话，我就不敢全依赖在它上面。

为什么我反复提到如果不是100%我就不敢全依赖呢？所谓“依赖”是什么意思呢？我在知乎上说过，我的工作思维是，先花专门的时间把规则设计和定义好，然后不加思索地按规则办；先编程再运行；先把CSS样式表设置好，再在编写HTML应用相应的样式；在Word里先把样式表定义好了，再按要求应用样式；而不是在打字的过程中，这里要加粗就加粗，那里要斜体就斜体。如有修改，就是修改定义，同时应用在所有实体上。按照相似的思维，在工作上，我一定要保证我所遵循的workflow是比较合理，能够适应大多数情况的，因为之后我做的事情就是不假思索地按照这个workflow去操作，就好像电脑严格按照已编好的程序来运行一样。因为，如果你的工作流程是每步都需要你看当时的情况来取舍，每步都要“随机应变”；工作流程也不固定，一会儿这样一会儿那样的话，你工作的需时就不好估计，你对你的工作进度就容易失去控制。你的workflow越是连个机器人都能完成，就越高效。越是要你时时处处都用模糊智慧去取舍、去回味、去条件判断分支，就越低效。所以如果一个工具给到我的功能不是100%能实现，这就等于在我的workflow中种下一个不可靠因素，一个隐患；我的workflow就定义得不严密。真按它那样长期运行，很容易就栽在这个隐患上，到时我就要很麻烦地脱离机器人状态，花时间研究解决临时发生的问题，很拖进度。

最后就说到整合Word软件了。但这个功能，我只有EndNote的经验，其他软件因为在以上指标都有各种不适之处，所以我都没有长期使用。但我有一个印象比较深，就是Mendeley和Zotero都采用CSL，采用啥我不管，CSL想开源通用化我原则上也欢迎。但你必须同时提供有一个可视化的编辑器以便用户自行定义citation style啊。现在我再搜，似乎有一些第三方的编辑器了，也不知道好不好用。但在我当年使用Zotero和Mendeley的时候，我是找不到第三方编辑器的，我也没有精力去自己学习CSL语法。

最后就是“云”功能。“云”的概念大家都欢迎。大家都希望啥都能“云”。但是中国大陆目前的带宽和访问国外网络的状况，限制了我们不是什么东西都适合“云”。就好像我上一篇关于笔记软件的文章那样，我的笔记，以及我的文献数据库，都可能会占用一个比较大的文件空间。同步这样的文件往往需要很长的时间。假如我使用一个软件，工作的时间花掉了，还要花额外的时间等它同步完毕，那谈何提高工作效率呢？如果我用Mendeley识别我的PDF文件夹（2734个PDF文件），它会死。如果不识别PDF文件夹光导入文献数据（2.8k+），倒还可以（反应还是会慢些），但如果仅仅是这样我干嘛不用EndNote呢？EndNote更明快，前面也提到了还有排序功能的问题。再者，我为何啥软件都要自带云同步？现在已经有dropbox了。就好像我在上一篇文章里谈到的那样，OneNote就算没有整合SkyDrive，由于它的笔记文件是很清晰可以找得到的，也可以按用户意愿来修改存放位置。想要云同步的话，把文件放在Dropbox里就解决了。但若像Evernote这样，数据存在神秘的文件组合里，你还真只能依赖它自己的云功能，碰上恰好它的服务器很烂你每次同步都很痛苦，那就只好跟它说88了。EndNote的数据库文件也不算复杂，一个.enl文件带一个同名的.data文件夹，我习惯把这个跟我的PDF文件放在Dropbox的同一个文件夹里，就一起同步掉了，何需EndNote自带什么同步功能？我知道还有个EndNoteWeb，但我从来不用。EndNote是收钱的软件，当然做得好。Mendeley和Zotero是免费的，很多人说这很难得，做得不好情有可原。事实上如果它做得好，收费我也不是不愿意花钱，做得不好，我才不管它是不是免费。既然做免费软件压力这么大，我觉得花时间开发网上同步的功能框架就是完全浪费时间。有Dropbox用户不会用吗？你只需要把数据库文件做得简单易找些就行了。多花点资金和精力放在软件本身的细节上岂不更好？

注：距离我上一次使用EndNote之外的其他文献管理软件，已经好一段时间了。在写完这篇文章之后我又调查了一下。Zotero有standalone版本和一个Chrome的connector，我也重新安装了新版本的Mendeley试用，同时我还了解到一个叫Docear的，以前没听说过，也安装试用。ReadCube还是老样子，就不再试用了。试用之后也许会有新的看法，也许不会。